南京市第二医院中医科是我院重点发展的中医临床科室，是南京中医药大学本科和硕士研究生教学和实习基地，具有一流的诊疗技术及现代化设备，专科专病种类齐全，中医诊疗特色突出。
科室设有中医门诊和中医病房，门诊设有中医内科、针推治疗室、理疗艾灸室、穴位埋线室及中医熏蒸室等，病房坚持以中医药、中医康复、疼痛、肿瘤为主，中医西并重。中医科与南京中医药大学深度合作，引进国医堂高级专家坐诊，切实为患者提供具有中医药传统治疗和养生理疗服务等。
中医科开展有传统中医中药、针灸推拿、中药熏蒸、拔罐刮痧、整脊正骨、中医产康及理疗康复、养生保健等中医治疗，还包括有冬病夏治、埋线疗法、浮针、雷火灸、穴位贴敷/注射、膏方等中医特色项目。
1、传统中医中药：根据舌苔脉之象、症状属性、阴阳变化、脏腑特征等进行辨证施治。治疗病种涉及内、外、妇、儿等多方面，对亚健康状态及肿瘤、慢性病患体质调理方面具有防治优势。
2、针灸推拿：优势病种有颈肩腰腿痛、面瘫、头痛、失眠、带状疱疹后遗神经痛、中风、神经性耳鸣、功能性消化不良、胃痛、单纯性肥胖、痛经、盆腔炎等。
3、理疗：包括中药熏蒸、拔罐刮痧、中频脉冲、中医定向透药、牵引等多种治疗方式，用于颈肩腰腿痛、关节炎、虚寒体质者、宫寒、急性疼痛等的辅助治疗。
4、穴位埋线：用于单纯性肥胖、头痛、颈椎病、腰肌劳损、肩周炎等治疗，治疗间隔时间长，适合于忙碌的上班族。
5、中医整脊疗法：用于治疗脊柱相关病如颈腰椎病、腕踝关节扭伤等有独特优势。
6、浮针：用于网球肘、踝关节扭伤、面瘫、肩关节周围炎、慢性膝关节痛、腱鞘炎等。
7、穴位贴敷：用于冬病夏治、三九灸等治疗，对于过敏性鼻炎、慢性胃炎、慢性咳嗽、支气管哮喘、膝关节炎等慢性疾病均有效。
8、盆底肌康复：通过盆底肌锻炼、生物反馈疗法及电刺激疗法，可以使受损伤的肌肉、神经得到真正的纠正，具有长期疗效。适用于产后女性、轻中度子宫脱垂、外科手术后所致的大小便失禁等。