南京市第二医院汤山院区（南京市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，占地面积480亩，总建筑面积10.9万平方米。2016年7月投入运营，开放床位821张，日均门诊量350人次，日均住院病人超600人次。

汤山院区挂牌江苏省传染病医院，是江苏省传染病紧急医学救援基地，南京市艾滋病、结核病定点收治医疗单位，是以消化道与呼吸道、接触性与非接触性等病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的，南京市重大公共卫生事件应急救治中心。设有感染病科、结核科、肝病科、综合内外科、重症医学科、一期临床研究中心、麻醉科、医学影像科（含介入室）、腔镜室（支气管镜室、胃肠镜室）等10多个临床、医技科室。竭力为南京地区的传染病患者服务，并为城东地区百姓提供优质、温馨、舒适、便捷的诊疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省。

2020年，南京市公共卫生医疗中心作为省、市新冠肺炎定点收治医院，医院集中资源力量，全力开展医疗救治。创新实施“分片包干、重点监测、一患一策、每日会诊、同步中医与心理治疗”的救治策略，阶段性实现了病人“零死亡”医务人员“零感染”的目标，相关做法受到国务院联防联控机制专家组肯定，被省卫健委在全省范围推广。