感染性疾病科
- 国家临床重点专科组成科室（感染性疾病科）
- 江苏省临床重点专科组成科室（传染科）
- 南京市医学重点专科
- 国家药物临床试验机构（感染专业）
- 免疫缺陷人群相关感染及机会性肿瘤的诊治
- 艾滋病的防治咨询、抗病毒治疗优化、个案管理及PITC；艾滋相关和非艾滋定义疾病的诊治
- 疑难危重系统性感染诊治
- 可致出血的感染性疾病诊治
- 感染相关出疹性疾病诊治
- 人畜共患性疾病诊治
- 不明原因发热、不明原因腹泻以及其他需要重点防控或有检疫隔离需要的疾病的诊治
近年发表统计源及以上论文共93篇，其中SCI论文36篇；发表专著、参与指南或共识制定10部；获省、市级医学新技术引进奖6项；主持/参与立项课题11项，其中省部级课题4项，市级课题7项，参与国自然、省自然课题各1项；参与完成十二五重大科技专项延续项目1项；研究者发起的临床研究6项，其中作为组长单位牵头5项，参与1项。参与国际国内多中心药物临床试验项目15项。
肝病科
- 国家临床重点专科组成科室（感染性疾病科）
- 江苏省临床重点专科（传染科）
- 江苏省临床重点专科（肝病专业）
- 江苏省病毒性肝炎诊疗中心
- 南京市医学重点专科
- 国家药物临床试验机构（肝病专业）
- 不明原因和危重肝病诊断和治疗
- 肝硬化及肝癌诊断及治疗
- 慢性乙肝和丙肝的个体化规范治疗
- 自身免疫性肝病、药物性肝病、小儿肝病的诊断和治疗
- 脂肪肝、遗传代谢性肝病的诊断和治疗
- 中西医结合终末期肝病（肝硬化、肝衰竭）诊断和治疗
近年发表论文近200篇，其中SCI论文50余篇，参与十二五、十三五国家重大科技专项4项，主持国自然课题3项，主持及参与省部级课题多项，获得中华医学科技奖三等奖1项，省科技进步一等奖1项、三等奖1项，省卫健委医学新技术引进奖5项，市医学新技术引进奖、江苏医学科技奖、市青年医学科技奖多项。
结核病科
- 国家临床重点专科组成科室（感染性疾病科）
- 江苏省临床重点专科（结核病科）
- 国家感染性疾病临床医学研究中心江苏省分中心
- 疑难、危重结核病的诊断和治疗
- 耐药结核病的诊断和治疗
- 结核病的多学科MDT诊疗
- 气管支气管结核的介入治疗
- 肺外结核的诊断和治疗
近年发表论文89篇，其中SCI论文18篇；参与国家“十二五”“十三五”传染病重大科技专项课题研究；十三五重大新药创制科技重大专项：抗结核药物新药临床评价研究技术平台建设；参与编写结核病专科著作10部，参与制定结核病学指南和专家共识10部，中国防痨协会团体标准立项2项，省级以上科研项目及人才培养资助项目9项，获江苏省医学新技术引进二等奖1项，发明专利授权3项、软件著作权授权2项，成果转化1项。
妇产科
- 江苏省临床重点专科
- 江苏省孕产妇危急重症救治指导中心及质控中心
- 江苏省科教强卫创新团队
- 江苏省母婴安全优质服务单位
- 全国首批妊娠乙肝防治示范基地
- 全国女性卵巢保护与抗衰促进工程生育力保护中心
- 致力于生殖健康和高危妊娠管理，国内率先建立并完善了感染孕妇全生育周期管理流程，母婴阻断规范化治疗和婴幼儿长期随诊系统
- 在高危妊娠管理尤其是妊娠肝病方面开展了多项临床研究，形成了全国领先的优势学科和技术特色
- 妇科恶性肿瘤尤其是复杂性妇科肿瘤诊治
- 宫颈癌早期筛查和诊治
- 生殖内分泌治疗
- 妇科良性疾病如妇科良性肿瘤、不孕不育的微创腔镜治疗
近年发表论文90篇，其中SC1论文33篇；获国家科技部“十三五”重大专项2项，国家自然基金面上项目2项，省自然基金重点项目和省领军人才项目各1项，省社发临床专项2项，卫生部项目1项；获省市科技进步奖3项，省部级新技术引进奖11项，获全国妊娠乙肝防治先进单位、美国APR杰出贡献奖。
普通外科
- 江苏省临床重点专科
- 中国肝脏肿瘤微创治疗规范与临床应用合作科室
- 卫生部肝胆外科培训基地
- 腹腔镜肝肿瘤切除，荧光示踪肝段精准切除，肝门部胆管癌等胆道肿瘤根治，腹腔镜胆囊癌根治，腹腔镜脾切除，腹腔镜联合胆道镜胆总管切开取石，腹腔镜胰腺肿瘤切除及胰头十二指肠根治等
- 肝功能Child-Pugh分级C级伴有肝炎肝硬化的肝癌、肝癌合并门脉高压症和肝功能Child-Pugh分级C级门脉高压症的外科治疗
- 腔镜微创手术为核心的胃肠道肿瘤综合治疗模式，胃肠肿瘤病例多学科诊疗模式（MDT）全覆盖
- 甲状腺开放+腔镜手术、甲状腺癌根治术以及手术治疗原发性和继发性甲状旁腺功能亢进症等疾病
- 乳腺癌早期诊断技术，乳腺癌根治、改良根治、扩大根治术及开展前哨淋巴结活检技术
近年发表论文74篇，其中SCI论文22篇；获省新技术引进奖一等奖1项。
肿瘤科
- 江苏省临床重点专科
- 中国难治性疼痛规范化诊疗示范基地
- 中国抗癌协会规范化放疗营养治疗示范病房
- 基因组学指导下恶性肿瘤个体化靶向治疗
- PD-1/PD-L1、CTLA-4等单抗双抗免疫治疗
- TACE、射频消融、微波消融、冷冻消融治疗高强度超声聚焦刀治疗
- 三维适形放疗、调强适形放疗（IMRT）、图像引导精准放疗（IGRT）、同步放化疗、再程放疗、单次大剂量姑息放疗等
- 高剂量率近距离后装（腔内）放疗
- 支架植入、导管治疗食管、胆道、胃肠道、呼吸道梗阻等
- 腹腔热灌注化疗
- 癌痛规范化治疗
- 肿瘤患者的肠内肠外营养治疗
近年发表论文102篇，其中SCI论文39篇；省级以上科研立项5项；获省新技术引进奖二等奖3项；市新技术引进奖一等奖2项；举办国家级继续教育项目5次；参编科技专著4部。
中西医结合科
- 国家临床重点专科组成科室（感染病科）
- 国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室
- 江苏省临床重点专科组成科室（肝病专业）
- 江苏省示范中医科
- 南京市中医重点（肝病）专科
- 开展中医药、穴位注射、结肠透析、红外线穴位照射等不同方法，治疗各种急、慢性肝炎、自免肝、酒精肝、肝硬化乃至顽固性腹水、难治性黄疸、各型肝衰竭和肝癌等
- 基于正虚病机，利用益气健脾法（方）为主，改善终末期肝病尤其是肝硬化失代偿、慢加急性肝衰竭以及肝癌的预后
近年发表论文32篇，其中SCI论文10篇；获科研立项（含人才项目）4项，举办国家级及省级继续医学教育项目6次；参编科技专著5本，获省新技术引进奖二等奖2项，市新技术引进奖二等奖3项；省中医药科技奖三等奖2项，市中医药科技奖二等奖1项。
检验检测中心
- 按国家生物安全Ⅱ级标准建设，满足临床实验室诊断多层次的需求
- 开设临床检验项目500余项，擅长肝病、感染性疾病的实验室检测
近年发表论文103篇，其中SCI论文57篇；承担国家自然科学基金项目2项，省级科研项目8项，专科共获各类科研成果3项；省新技术引进一等奖1项、二等奖4项。
重症医学科
- 国家临床重点专科组成科室（感染性疾病科）
- 南京市医学重点专科
- 重症肝病治疗，如人工肝治疗、重症肝病的营养支持、肝硬化消化道出血的多学科治疗、肝病基础患者围手术期管理
- 多重耐药菌的诊断与治疗
- 重症感染病治疗，如病毒性肺炎、破伤风、各类出血热、重症疟疾治疗
- 重症产科的监护与治疗
- 呼吸机依赖的康复治疗
近年发表论文45篇，其中SCI论文20篇；获省级以上成果2项，省级以上科研立项1项。
医学影像科
- 开展全身各部位DR检查、双能骨密度测定、各项X线造影检查、CT和MRI检查及肿瘤的微创诊疗和肿瘤放疗定位等项目。
- 应用和开展多项CT和MRI新技术检查，CT引导下各部位病变的穿刺活检技术，肿瘤微波射频消融技术，大血管及冠脉成像，肿瘤功能成像，脂肪肝定量测定，肝性脑病磁共振功能成像研究。
近年发表论文共70篇，其中SCI 论文23篇；市级课题4项，市新技术引进奖2项，省新技术引进奖2项。
麻醉科
- 开展高级血流动力学监测、脑电监测、超声引导操作、血液回输等国内先进技术，在困难气道、心肺复苏等方面技术精湛
- 开设疼痛门诊，进行各种疑难疼痛、癌痛的诊疗
近年发表论文共39篇，其中SCI论文6篇；主持局级课题4项，参与编写麻醉专科著作7部，获市科技进步奖三等奖1项，专利授权11项。
神经内科
- 建立脑血管病院内急救体系，开通24小时卒中绿色通道急救，开展脑卒中动静脉溶栓、机械取栓、血管成形等技术
- 开展老年性痴呆、认知障碍早期筛查和防治
- 建立认知量表评估，开展生物标记物、基因及影像等综合评估技术
- 常规开展肌电图、诱发电位、长程视频脑电图、睡眠监测等技术
- 在中枢神经系统感染性及神经免疫性疾病诊疗有明显优势，常规开展脑脊液病原学二代测序、XPERT及酶学测定等技术，尤其在危重症神经系统感染方面经验丰富
- 开展调节T细胞治疗肌萎缩性侧索硬化的临床研究
近年发表论文共14篇，其中SCI论文2篇；实用新型专利5项；参与国家自然科学基金项目1项、省级课题2项。
护理
- 着力于强化专科内涵建设和提高护理技术水平为核心
- 重视专科护士培养，推进临床专科服务水平
- 为患者提供优质、安全、专业的护理服务
- 开展急诊急救护理、危重症患者护理、血液净化护理、传染病护理、肿瘤护理、慢性病护理等专科护理
近年发表论文843篇，其中SCI论文7篇，核心统计源137篇，专利330项。
超声医学科
- 开展超声造影检查等超声成像和诊断技术，在早期诊断肝脏占位性病变和良恶性肿瘤上具有丰富经验
- 开展介入性超声技术，为临床在肿瘤诊断和治疗提供可靠的影像学依据和微创治疗途径
近年共发表论文21篇，其中SCI论文4篇，中文17篇，承担市级课题2项。
骨科
- 开展颈椎、胸椎、腰椎等各节段手术及骨折、退变、感染、结核等方面手术，可进行脊柱椎间孔镜微创手术
- 开展髋、膝关节置换，膝、肩、踝关节镜的手术
- 开展四肢骨折，骨盆骨折等部位的内外固定手术
- 开展骨及软组织肿瘤的手术切除手术
- 骨折及软组织疾患的保守治疗
近年发表论文22篇，其中SCI论文7篇，中文15篇。
老年医学科
- 南京市医学重点专科
- 江苏省老年医学学会老年营养示范病房
- 国家老年疾病临床研究中心协同研究网络成员单位
- 老年综合评估
- 老年综合征诊治
- 老年医学多学科整合团队诊疗模式
- 干部保健及老年康复
- 老年慢性病长期管理及连续医疗
- 老年常见肿瘤的个体化精准治疗
- 紧密型医养结合
近年发表共10篇，SCI论文6篇，中文4篇；科研立项4项，省级以上项目1项。