南京市第二医院心血管内科是针对心血管专科疾病进行诊治和护理、抢救的临床科室。包括病房、心血管介入手术室、门诊。
主要治疗疾病范围包括：冠心病、心律失常、高血压病、心力衰竭、心肌炎、心肌病、心瓣膜病、肺源性心脏病、肺血管疾病、主动脉疾病、先天性心脏病、血栓性疾病、代谢综合征、其他外周血管性疾病等。
心血管介入手术室拥有1000mA大型数字减影血管造影机、高压造影注射器、64道电生理分析记录仪、射频消融仪、心电压力多功能监护仪、监护除颤仪、起搏器测试仪等先进设备，常规开展了冠状动脉造影术、经皮冠状动脉介入治疗术、心电生理检查术、经导管射频消融术、心脏起搏器植入术、心脏大血管造影术、左右心导管术、外周血管介入术等技术。
南京市第二医院也是南京市老年病医院，心血管内科在针对老年病人的治疗上积累了丰富的经验。老年病人普遍心功能低下、血管条件差、血栓事件多发、合并多种器官疾病等，心血管内科结合这些特有的老年病特征，精益求精，形成了老年心血管疾病的诊疗特色，并为多名90岁以上的老年患者成功进行了经皮冠状动脉介入治疗术、永久起搏器植入术等。
心血管内科近几年在心血管介入手术方面取得技术突破，如：冠心病介入、心律失常器械植入、心律失常导管消融、先心病封堵等。成功开展了高难度的冠心病介入手术，包括：冠状动脉慢性闭塞病变介入治疗、冠状动脉左主干病变介入治疗、冠状动脉瘘介入封堵、冠状动脉血流储备分数指导下介入治疗、冠状动脉内斑块旋磨等，为严重的冠心病患者解决了复杂的冠状动脉问题。除了普通的单腔、双腔心脏永久起搏器植入以外，还开展了先进的心脏器械植入技术，包括：双心室同步起搏、希-普系统起搏、埋藏式心律转复除颤器植入、心脏事件循环记录器植入等，不仅为需要的患者提供了更生理性的起搏，而且提高了心律失常的诊断和控制、抢救的成功率。常规开展的心律失常导管消融技术，使用三维标测系统开展了复杂心律失常的介入治疗，不仅治愈了室上性心动过速、预激综合征，还成功治愈了阵发性室性心动过速、心房扑动等快速性心律失常。先后开展的先心病介入技术针对房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭患者进行了介入治疗，都取得了微创治疗的良好效果，免除了大创伤的开胸手术。另外，还开展了肺动脉介入，成功救治了肺动脉栓塞的危急患者；常规开展了肾动脉介入、腔静脉介入等大血管介入技术。