南京市第二医院医学检验科专业设施完善，检验设备先进，是集临床医疗、教学、科研为一体的检验科，检验科连续十余年为南京市医学重点专科。
本部检验科中心实验区位于门诊病房大楼三楼，建筑面积2200多平方米。分院检验科目前有门诊检验室（位于B楼二楼）、中心实验区和负压实验室（位于B楼一楼），建筑面积 2000 多平方米。检验科现有各类检验技术人员43人，其中正高级检验师2人，副高级检验师7人。技术人员中博士1人，硕士5人，大学本科32人。省级学会委员3人，核心期刊编委1人。市级学会（管理委员会）副主任委员2人。
检验科下设临床生化、临床免疫、临床微生物、临床常规、HIV初筛确证、结核负压实验室等实验室。各实验室可进行各类传染病、肝胆疾病及其它综合性疾病相关医学检验项目500余项，并可为临床科学研究提供良好的实验室平台。检验科始终强化检验质量管理，在临床生化、临床免疫、临床微生物、临床常规、临床输血、HIV初筛等的室间质量控制方面，先后获部、省检验中心质量控制优秀单位。
检验科质量方针:公正,准确,科学,及时。检验科的质量管理方针应遵循公正、准确、科学和及时的方针。即检验过程客观公正；检验结果可靠准确；检验技术先进科学；检验服务周到及时。
检验科除拥有一大批优秀专业技术人员及很好的实验室平台外，还拥有专业实验设备。主要包括全自动免疫分析系统（2台I2000和1台I1000）、全自动酶标分析仪、全自动生化分析仪、结核杆菌快速培养系统，全自动蛋白电泳仪、全自动糖化血红蛋白分析仪；流式细胞仪2台、全波长酶标仪；全自动特定蛋白分析仪、蔡氏荧光显微镜；全自动血细胞分析仪2台、全自动凝血仪2台、尿沉渣分析仪等。这些仪器设备为医院的临床医疗及科研工作提供了充分的物质保证，也使得检验科在开拓传染病、肝胆疾病相关检测、结核专科特色的检验项目新技术、新检测方法方面一直处于全省的领先地位。
目前，作为东南大学附属医院，检验科承担了东南大学医学院检验专业临床生物学、临床免疫学教学任务。检验科可独立培养检验硕士研究生。检验科作为江苏大学、南通大学教学医院以及安徽省卫生高等职业学院的实习基地，其实习带教水平受到相关院校的好评。检验科在完成日常大量常规检验工作的同时，还承担了大量的临床科研工作，先后承担了国家自然基金项目2项；江苏省科技厅、卫生厅科研项目4项；南京市科研项目6项。近年来共获各类科研成果9项，其中江苏省医学奖三等奖1项，江苏省卫生厅新技术引进二等奖4项，南京市科技进步二等奖1项、三等奖3项，获国家专利3项。近5年来检验技术人员共发表论文50余篇，其中SCI论文8篇，中华系列期刊论文8篇，参编专著2部。独立举办国家级继续医学教育项目2项，省级继续医学教育项1项。